兩岸建立軍事互信機制、簽訂和平協議及經濟合作架構協議，都是今年十月中國國民黨第十八次全國代表大會通過的政策綱領內容，代表著新任執政黨主席的馬英九總統任內所要全力達成的政治目標。
中國共產黨向來認為，兩岸和平協議的簽訂是兩岸在法律上終止內戰敵對狀態的起點，十一月中中國社會科學院臺灣研究所政治研究室主任謝郁在太平洋文化文教基金會主辦的《兩岸一甲子》研討會會上，主張兩岸和平協議必須以一個中國原則為前提，是兩岸最終邁向和平統一創造條件的階段性協議，並非最終解決兩岸問題的終極協議，正反映著中共的主流思維；然就我國而言，當我國宣佈終止動員戡亂，實即意味著在法律上不再否認中華人民共和國的合法性，兩岸已進入李登輝總統所界定而曾為國民黨一度支持的特殊國與國關係，儘管事後連戰和馬英九都推翻了這一立場。無論如何，兩岸和平協議之於我國的意義，乃為中華人民共和國憲法秩序的承認，而此一承認則較諸以人民主權實踐論詮釋的臺灣憲法秩序現實效力地域範圍，更進一步地在主權層次和法律文本形式上將憲法法域和國家管轄領域明確下來。
我國學者楊泰順、陳一新、李允傑、高輝等皆於《兩岸一甲子》研討會會場對於一個中國原則表達疑慮，原因是臺灣內部對此一問題看法仍有所歧異，聯合國承認的中國是中華人民共和國，如果我們主張中華民國是主權獨立的國家，而又承認中華人民共和國的憲法秩序，則在現狀之下，客觀上兩岸間乃存在兩個憲法秩序，因而一個中國原則如果具有法理主權的意涵，除非另行創造一個兩岸之上的中國憲法架構，則要嘛一中就意味著中華民國的國家人格被否定掉，要嘛就是要使中華民國與中國主權完全切割，完成所謂法理上的臺灣獨立。
我國〈憲法〉規定有關修憲和領土變更皆需經公民複決，因而涉及兩岸憲法法域和政治管轄權相互承認的兩岸協議，相當於憲法法域與領土的實質變動，乃具有兩岸基礎條約的性質，如果未經我國公民複決，賦與其相當於憲法地位的正當性，並可能地促動臺灣的憲政改革，則恐使主簽的政府陷入違憲爭議的風暴之中，從而刺激二○一二年總統大選，成為統獨的準公民投票。
由核四公投促進會發起的兩岸協議人民作主全國苦行，正走在西海岸南下的路上。並非所有的兩岸協議皆應經由公投批准，事實上只有屬於架構協議／基礎條約層次的始適足當之，兩岸和平協議及經濟合作架構協議都屬於這一範圍，其餘的事務性協議則交由立法院審議或備查便為已足。苦行團是在為兩岸間建構涉及基礎關係的國際法和憲法架構營造其社會條件，臺灣如果不想在二○一二年淪入袁紅冰所稱中共暴政統一的大劫難，則有遠見的國家領導人應當深思其意義並矢志將其理想付諸實現。
民國九十八年十一月二十二日晚七時三刻
臺灣苗栗地方法院宿舍
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